Một trong các giả thuyết về nguồn gốc của loại kẹo này là du nhập từ Bồ Đào Nha. Từ konpeitō có thể phát âm giống confeito tiếng Bồ Đào Nha có nghĩa là kẹo ngọt. Kỹ thuật sản xuất bánh kẹo đã được giới thiệu đến Nhật Bản vào những năm đầu thế kỷ 16 bởi các thương nhân Bồ Đào Nha. Khi đó cơ sở hạ tầng và công nghệ tinh chế đường vẫn chưa được xây dựng tại Nhật Bản, konpeitō thì lại sử dụng rất nhiều đường vì thế nó rất đắt tiền và hiếm.